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股東用知識產權出資時，常存在如下瑕疵：
（1）股東知識產權出資糾紛瑕疵
專利權、商標權等的權利人將這些工業產權用于公司出資時，形成瑕疵的主要原因，也是公司所面臨的風險就是權利可能被宣告無效或被撤銷。因為，可用于公司出資的知識產權一般都有權利憑證，如專利權、商標權、軟件著作權等。這類知識產權的取得需經確權程序，因此，也自然存在因對確權的否認而導致權利喪失的情形。法律對已取得的知識產權規定了宣告無效、撤銷的程序。若無效、撤銷一旦被專利復審委員會或商標評審委員會確定成立，專利權和商標權就不復存在，以工業產權出資的價值就成為零。
若公司在設立時用以出資的無形資產該股東并沒有權利處分，但在公司設立后，該股東拿到了其所有權或使用權，則可辦理過戶登記手續，并由驗資機構出具補充驗資報告，就不會構成實質性障礙。
（2）股東知識產權出資糾紛交付或過戶登記存在瑕疵
股東以知識產權出資時，僅向公司提供有關知識產權的技術資料和權屬文件，但未按規定向相關登記機關辦理權利轉移手續，或者已經在相關登記機關辦理權利轉移手續，但沒有向公司提供有關知識產權的技術資料。這種情形就要交付知識產權的技術資料和權屬文件并辦理權利轉移手續。
（3）股東知識產權出資糾紛評估存在瑕疵
知識產權作為非貨幣形式的出資，最重要的在于價值的確定，科學、合理、真實、公平地確定知識產權的價值，有利于知識產權成為公司的真實資本和合理股份。一旦出現評估不實的情況就構成知識產權出資瑕疵。
實踐操作中，若公司設立時對出資的無形資產未作評估，或評估價格不實，則需重新由評估機構對無形資產進行評估。對于評估低于出資的部分，由責任股東以貨幣形式予以補足；評估高于出資的部分，則歸公司所有。比如實際僅值1000萬的無形資產，評估3000萬作為出資。此時應該計提2000萬減值，或者由股東補足4000萬現金。為避免日后出現糾紛，無責任股東還要同時出具免責說明書，表示不再追究出資瑕疵或出資不實的股東的責任。
（4）與公司主營業務無關的產權出資瑕疵
以經營性資產出資，需要同時將與該業務密切關聯的商標、特許經營權出資折股。實際操作中，公司股東以某項發明專利評估作價投入公司，但是，該項專利與公司實際從事的主營業務并無密切關系，投入公司后未產生相關效益。這種情況下，可認定股東并未真正履行出資義務，該股東應以貨幣或者其他與公司業務有關的非貨幣資產進行等額置換，否則會導致出資不實之情形出現。
（5）高新技術成果出資瑕疵
以高新技術成果出資，為避免造成瑕疵，需要注意用于出資的高新技術成果，應當屬于國家科委頒布的高新技術范圍；是公司主營產品的核心技術；技術成果的出資者對該項技術合法享有出資入股的處分權利，保證公司對該項技術的財產權可以對抗任何第三人；而且該高新技術成果已經通過國家科委或省級科技管理部門的認定。同時，成果出資者應當與其他出資者協議約定該項成果入股使用的范圍、成果出資者對該項技術保留的權力范圍，以及違紀責任等。
